En Andalucía los grandes propietarios comenzaron a temer la fuerza creciente del movimiento obrero anarquista, y como respuesta desarrollaron una lucha sistemática. El resultado de esta lucha fue la detención de centenares de trabajadores, y que consiguieron desarticular a muchas organizaciones o federaciones. El episodio más famoso fue el de la Mano Negra en Jerez. La Guardia Civil descubrió a una sociedad secreta con dicho nombre y a la que se quiso identificar con la Federación de Trabajadores de la Región Española, que hemos visto nacer y desarrollarse en el anterior artículo. Se usó el pretexto de dos asesinatos perpetrados pero que no tenían un móvil social para iniciar un proceso judicial contra la Mano Negra que concluyó con la ejecución de siete campesinos, varias condenas perpetuas y algunos destierros. Esta represión fue, como indicábamos al principio, muy eficaz, ya que la Federación terminó por disolverse en 1888.
Eso no fue obstáculo para que fuera del control de la Federación hubiera pequeños grupos anarquistas autónomos, aunque de vida efímera. Su filosofía se basaría en la acción directa, o como se conocía, de la "propaganda por el hecho", es decir, con atentados, empleando el terror. En la década de 1890 comienza una cadena de atentados, especialmente en Barcelona. El hecho más famoso fue el de la bombas del Teatro del Liceo, que provocaron una verdadera matanza. Esta acción provocó la aprobación de la Ley de Represión del Terrorismo. La represión se pone en marcha, y llegamos al Proceso de Montjuich con cinco penas de muerte, veinte penas de cárcel y algunas deportaciones. El proceso tuvo una enorme repercusión en toda España y en el extranjero, con diversos actos de denuncia y protesta. Una de sus consecuencias fue el asesinato de Cánovas del Castillo en 1897 por parte del obrero anarquista Angiolillo.
